まず最初に、会社は年休を取得した際に支払われる賃金について、就業規則等で定めなければなりません。

　原則として次の3つからの選択です。
　　①平均賃金
　　②所定労働時間労働した時に支払われる賃金
　　③健康保険の標準報酬日額

　したがって、社内規定で①や③が選択されている場合は『日々労働時間が違う社員』についても対応は可能です。
　ここで問題となるのは、②の『所定労働時間労働した時に支払われる賃金』という社内規程で定まっている場合となります。

　A.年休を取得した日に働く予定だった時間分の賃金
　という答えになります。

　つまり、年休を取得した日が4時間勤務の日であれば4時間分の賃金。6時間勤務の日に年休を取得した時は6時間分の賃金の支払いが必要となります。
　この考え方は、正社員等で変形労働時間制を採用している場合でも同じです。

　※年休は『労働する義務のある日』に取得するものなので、週3日働くパート社員が本来働く予定の無い日（休日）に年休をとることはできません。したがって、年休を取得する日は「働く義務のある日、働く予定の時間（所定労働時間）も決まっている日」という事になります。