まず最初に、会社は年休を取得した際に支払われる賃金について、就業規則等で定めなければなりません。
原則として次の3つからの選択です。
@平均賃金
A所定労働時間労働した時に支払われる賃金
B健康保険の標準報酬日額
したがって、社内規定で@やBが選択されている場合は『日々労働時間が違う社員』についても対応は可能です。
ここで問題となるのは、Aの『所定労働時間労働した時に支払われる賃金』という社内規程で定まっている場合となります。
A.年休を取得した日に働く予定だった時間分の賃金
という答えになります。
つまり、年休を取得した日が4時間勤務の日であれば4時間分の賃金。6時間勤務の日に年休を取得した時は6時間分の賃金の支払いが必要となります。
この考え方は、正社員等で変形労働時間制を採用している場合でも同じです。
※年休は『労働する義務のある日』に取得するものなので、週3日働くパート社員が本来働く予定の無い日(休日)に年休をとることはできません。したがって、年休を取得する日は「働く義務のある日、働く予定の時間(所定労働時間)も決まっている日」という事になります。